Le spectacle, intitulé Les 12 Rêves du Soleil, se déroule en deux parties : la première dans la nuit du 31 décembre 1999 au 1er janvier 2000, devant 115 000 spectateurs (dont le président égyptien Hosni Moubarak) malgré un brouillard notable qui donnera au spectacle une ambiance particulière ; la deuxième partie se déroule au lever du soleil, le matin du 1er janvier.

L'année 1995 est l'année de Concert pour la Tolérance, donné le 14 juillet à Paris au pied de la tour Eiffel, pour célébrer le cinquantenaire de l'UNESCO qui a choisi comme hymne son titre Eldorado[21]. Une biographie est publiée par Jean-Louis Remilleux, chez Olivier Orban, et Jean-Michel Jarre est élu Citoyen d'honneur de la ville de Lyon. En 1972, il compose le générique de l'émission télévisée Sport en fête présentée par Michel Drucker, travaille sur la musique de deux chansons du groupe Triangle : Récréation et Le matin du premier jour. Il pourrait participer au prochain album de Gorillaz[42].
En 1977, il est nommé Personnalité de l'année par le magazine américain People.

En 1989 sort une compilation des morceaux joués lors du premier concert à Londres : Jarre Live. Depuis 1993, il est ambassadeur de bonne volonté de l’UNESCO[52]. La république populaire de Chine invite Jean-Michel Jarre à devenir le premier musicien occidental à y jouer, avec Les Concerts en Chine. Parallèlement la tournée Europe en concert fait l'objet d'une VHS qui reprend le concert de Barcelone. Cet album fait l'objet d'une diffusion numérique exclusive téléchargeable sur iTunes. Plusieurs séquences ayant été refilmées en studio afin de combler la mauvaise réalisation du direct de TF1. et Les bleus au cœur toujours pour Patrick Juvet, issus des albums Mort ou vif et Paris by night à la production desquels il participe[10]. Plusieurs projets de concerts n'aboutissent pas. Un livre-souvenirs de ce concert est publié aux Éditions du Moniteur. Il développe des bases classiques, tout en s'intéressant à la musique contemporaine, en apprenant la guitare électrique et en jouant au début des années 1960 dans plusieurs groupes de rock et de jazz, dont les Mystères IV avec lequel il remporte le premier prix du tremplin de la Foire de Paris. La même année, un astéroïde découvert en 1942 par Louis Boyer est baptisé « (4422) Jarre » en l'honneur de Jean-Michel Jarre et de son père[19]. Soundhunters remporte le Fipa D'or 2015 de la meilleure ouverte digitale à Biarritz[38]. Ce sera d'abord Indoors 2009 comprenant une vingtaine de concerts en Europe de l'Est et du Nord. de trois morceaux : L'Orchestre sous la pluie alias Équinoxe 8 déjà entendu sous cette forme pendant sa tournée européenne, un surprenant Équinoxe 3 ironiquement sous-titré « version heavy metal », et le plus classique La Dernière Rumba issu de l'album Les Chants magnétiques. On regrette qu'il n'existe pas de trace discographique de l’événement et qu'il n'ait jamais été renouvelé. Avec le soutien de sa mère, Jean-Michel Jarre prend des cours d'harmonie et de contrepoint au Conservatoire de Paris, avec Jeanine Rueff. Le concert retransmis par Euronews, NJR12, Ustream et Nostalgie sera diffusé à travers 153 pays et visionné par 3 milliards de personnes. Un projet lié au bicentenaire de la Révolution française n'aboutit pas, et c'est le défilé de Jean-Paul Goude qui se voit retenu pour le 14 juillet. Le succès n'étant terni que par les embouteillages créés par les concerts sur certains sites comme Le Mont-Saint-Michel, et quelques annulations de dates. En mai 1981 sort Les Chants magnétiques, premier album dans lequel est utilisé le Fairlight CMI (premier synthétiseur échantillonneur numérique). Jean-Michel Jarre vit alors seul avec sa mère à Issy-les-Moulineaux, en banlieue parisienne. En juin, il termine dans son propre studio de la région parisienne un nouvel album, mais sa sortie est reportée car il a d'autres projets de concerts.

Il arrête ainsi sa collaboration avec celui qui était son premier producteur Francis Dreyfus et avec qui il travaillait depuis la publication d'Oxygène. Parfois écrit sans trait d’union : « Jean Michel Jarre ».
En septembre 2018 sort une nouvelle compilation, intitulée Planet Jarre, en 2 CD pour 2 h 40 de musique, reprenant des classiques remixés, des titres récents, et pour la première fois officiellement en CD les premiers morceaux (Eros machine, La Cage…) et des inédits. Cette exposition donne lieu à la publication d'un livre tiré à 5 020 exemplaires chez Paris Audiovisuel et à la création du plus long morceau de musique de Jarre, composé à 70 % par un logiciel de composition automatique sur Atari.