Stanislas Wawrinka n'enchaîne cependant pas brillamment. Il est parfois surnommé « Stan the Man », ou encore « Stanimal » en référence à sa puissance[2]. Vainqueur de ses 11 précédentes finales, il perd contre le jeune Allemand de 19 ans Alexander Zverev (2-6, 6-3, 5-7), qui met fin à la série de victoires consécutives en finale du Suisse et remporte son premier titre[134].

Sa saison se poursuit par l'Open d'Australie.


La saison sur gazon commence ensuite bien pour Stanislas avec le tournoi de Bois-le-Duc, où il est tête de série numéro 2.

Lors du tournoi de Wimbledon, il joue en huitième de finale un des meilleurs matchs de sa carrière face au Britannique no 3 mondial Andy Murray, bien que celui-ci emporte la partie après 3 h 56 de jeu intense en cinq sets (6-2, 3-6, 3-6, 7-5, 4-6)[8]. Andy Murray se défait toutefois du Suisse par la suite en trois sets. Se hissant en quart de finale où il s'impose contre Jo-Wilfried Tsonga (7-62, 6-4, 6-3) en 2 h 14, imposant son jeu et tenant les échanges contre le Français en dessous de son niveau[141], au cours d'un match marqué par une friction entre les deux joueurs[142]. Après son retour triomphal de Roland-Garros, il temporise un peu avec le début de la saison sur herbe où il perd dès le deuxième tour au Queen's. Pour sa première demi-finale, Stanislas entame le match de manière époustouflante ; revers long de ligne, montées à la volée, variations dans le rythme.

Il perd cependant sèchement (4-6, 2-6) en 1 h 26 malgré un premier set d'une bonne intensité contre Murray, clôturant ainsi sa saison à la quatrième place mondiale comme en 2014 et 2015 sur un gros titre[137],[138]. Il joue le premier match face à Mardy Fish qu'il perd en 5 sets (2-6, 6-4, 6-4, 1-6, 7-9). Il arrive avec du rythme et de la confiance aux Internationaux de France et bat pour son premier tour (6-2, 7-66, 6-3) le qualifié Josef Kovalík, puis le dangereux Alexandr Dolgopolov (6-4, 7-65, 7-5) dans un match de grande qualité[153]. Wawrinka… Pour son premier match au deuxième tour, il bat aisément le qualifié Espagnol Pere Riba (6-0, 6-3). Pour la tournée estivale, à Toronto, il est battu en huitièmes de finale par Kevin Anderson à nouveau (68-7, 5-7), et à Cincinnati, il s'incline face au Français Julien Benneteau en quart de finale (6-1, 1-6, 2-6)[55]. Le tennisman suisse et l’entraîneur suédois ont décidé de se séparer d’un commun accord ce lundi, à six jours du coup d’envoi de Roland-Garros, comme l’a annoncé Wawrinka (35 ans, 17eme) sur les réseaux sociaux. Il termine sa saison au 36e rang mondial. En huitième contre le surprenant Illya Marchenko, après deux manches tranquilles et servant pour le match à 5-4, il se crispe et perd la troisième, avant de se reprendre et gagner en quatre (6-4, 6-1, 65-7, 6-3) sans convaincre, se qualifiant pour les quarts de finale sans avoir affronté de top 30. Il commence la saison sur gazon avec des résultats mitigés au Queen's et à Eastbourne, où il tombe notamment au premier tour face à Andy Murray, également sorti du top 100 suite à une blessure[176]. Resté en Amérique, il participe aux Masters d'Indian Wells et de Miami, pour y subir dans chacun des deux Masters 1000 une défaite au stade des huitièmes de finale, premièrement face au Serbe Novak Djokovic, puis contre l'Espagnol Rafael Nadal. Lors du Masters de Monte-Carlo, il écrase le no 2 mondial Andy Murray (6-1, 6-2) en huitièmes de finale[18], mais s'incline au tour suivant, en quarts de finale, face à Jo-Wilfried Tsonga. Mais il s'incline logiquement en quart de finale après ses deux matchs poussif, face au no 1 mondial Novak Djokovic en 2 sets nets (4-6, 1-6) et une heure de jeu.

Wawrinka participe à l'Open de Stockholm où il s'incline 2e tour contre au Jarkko Nieminen. - Guion : "Je ne doutais pas de l'état d'esprit", 5e j.

Au classement ATP, il atteint la troisième place en janvier 2014, année de sa victoire à l’Open d’Australie et de son seul titre en Masters 1000 à Monte-Carlo face à Roger Federer. Il poursuit en battant Jo-Wilfried Tsonga en trois sets (6-2, 69-7, 6-4), puis en sortant vainqueur de sa demi-finale contre le Tchèque Tomáš Berdych, où après un combat acharné et après avoir été mené d'un break dans la manche décisive, il se qualifie pour la finale (6-3, 4-6, 6-4), sa deuxième en Masters 1000 après Rome en 2008[20]. Enfin aux Masters de Londres il est placé dans le Groupe John McEnroe avec le nouveau no 1 mondial Andy Murray, le 5e mondial Kei Nishikori et le 7e Marin Čilić.
La période sur gazon est moins prestigieuse pour lui cette année, avec des défaites d'entrée de tournois au Queen's (64-7, 5-7) contre le futur lauréat Feliciano López et ensuite contre le jeune Daniil Medvedev (4-6, 6-3, 4-6, 1-6) à Wimbledon[163]. Son tournoi de Roland-Garros commence d'ailleurs très bien, il passe en huitièmes de finale avec après battu Thiemo de Bakker, Horacio Zeballos et Jerzy Janowicz, la révélation du tournoi de Paris-Bercy 2012. Les deux Suisses écrasent la paire tête de série no 2 composée de Max Mirnyi et Daniel Nestor (6-1, 6-2) dès leur entrée en lice. Peu après son élimination, Stanislas Wawrinka se déplace en Australie pour défendre les couleurs de la Suisse et réintégrer son équipe dans le groupe mondial de la Coupe Davis. Son premier tournoi de rodage est l'Open de Chennai, dont il est tenant du titre.

Au tour suivant, il tient son rang face à Nicolás Almagro, qu'il bat en deux sets (6-3, 6-2). Il réussit également une bonne performance à l'US Open puisque pour la première fois de sa carrière, il atteint les huitièmes de finale d'un Grand Chelem où Juan Ignacio Chela l'élimine en cinq sets (6-4, 2-6, 66-7, 6-1, 4-6).